Idée reçue n° 1 : « un arrêt ne peut plus durer plus de 31 jours »

Faux.

Les 31 jours concernent uniquement la première prescription. Le professionnel de santé peut ensuite établir une ou plusieurs prolongations, chacune dans la limite de 62 jours.

Un salarié peut donc rester en arrêt plusieurs mois lorsque son état de santé le justifie.

Autre point à connaître : les nouveaux plafonds concernent les prescriptions et prolongations établies à compter du 1er septembre 2026. Un arrêt prescrit avant cette date se poursuit donc jusqu’à son terme initialement prévu ; en revanche, une prolongation établie à compter du 1er septembre est soumise aux nouvelles règles.[1]

Idée reçue n° 2 : « les plafonds ne souffrent aucune exception »

Faux.

Le médecin ou le professionnel habilité peut prescrire une durée supérieure lorsqu’elle est médicalement nécessaire. Il doit alors justifier cette dérogation sur la prescription au regard de la situation du patient et, lorsqu’elles existent, des recommandations de la Haute Autorité de santé.[1]

Les 31 et 62 jours constituent donc des plafonds de prescription, et non une durée maximale absolue d’absence.

Idée reçue n° 3 : « les démarches du salarié ont changé »

Pas sur l’essentiel.

Le salarié dispose toujours de 48 heures pour transmettre son avis d’arrêt.

Lorsque l’arrêt est établi sur papier, les volets destinés à l’Assurance Maladie doivent être adressés à la caisse et le volet employeur transmis à l’entreprise. Lorsque l’arrêt est télétransmis, l’Assurance Maladie reçoit directement les informations qui lui sont destinées, mais le salarié doit toujours transmettre le volet destiné à son employeur.[2]

Autre vigilance : lorsque la télétransmission est impossible, le professionnel de santé doit utiliser le formulaire Cerfa papier sécurisé. Depuis le 1er septembre 2025, les formulaires papier non sécurisés sont rejetés par l’Assurance Maladie. Les scans et photocopies ne sont pas acceptés.[2]

Ce que l’entreprise doit adapter

Pour certaines absences longues, les nouveaux plafonds peuvent conduire à davantage de prescriptions de prolongation et donc à davantage d’échéances à suivre, sauf lorsqu’une durée supérieure est médicalement justifiée.

L’employeur a donc intérêt à fiabiliser son suivi plutôt qu’à présumer une date de retour.

Les points de contrôle sont simples :

• inscrire chaque fin de prescription dans le calendrier RH ou de paie ;
• distinguer une fin d’arrêt, une prolongation reçue et une reprise réellement confirmée ;
• transmettre rapidement l’attestation de salaire nécessaire au calcul des indemnités journalières ;
• vérifier la continuité des éléments de paie en cas de subrogation ou de maintien conventionnel ;
• anticiper les démarches liées au retour et vérifier, lorsque l’absence se prolonge, si une visite de reprise doit être organisée.

Et en téléconsultation ?

La réforme du 1er septembre ne modifie pas les règles particulières applicables aux arrêts prescrits à distance.

Un arrêt de travail prescrit ou prolongé en téléconsultation reste, en principe, limité à trois jours.

Des exceptions existent notamment lorsque l’arrêt est prescrit ou renouvelé par le médecin traitant ou lorsque le salarié justifie qu’il lui est impossible de consulter un professionnel de santé en présentiel pour obtenir une prolongation.[3]

Conclusion : un nouveau calendrier, pas une durée maximale d’absence

Les plafonds de 31 et 62 jours ne donnent pas à l’employeur le pouvoir d’écourter un arrêt. Ils encadrent la durée que le professionnel de santé peut prescrire à chaque étape, tout en maintenant la possibilité de prolongations et de dérogations médicalement justifiées.

Pour l’entreprise, l’enjeu est surtout organisationnel : suivre les échéances, transmettre les informations à la paie et préparer la reprise sans l’anticiper à tort.

Un suivi clair entre dirigeant, RH, gestionnaire de paie et manager permet d’éviter une reprise supposée, une attestation tardive ou une erreur d’indemnisation.

Sources

[1] Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 ; Code de la Sécurité sociale, articles L. 162-4-1, L. 162-4-4 et R. 162-1-7-1.
[2] Assurance Maladie – Arrêt de travail pour maladie : les indemnités journalières du salarié ; Un formulaire papier sécurisé pour les arrêts de travail.
[3] Service Public – Téléconsultations : les nouvelles règles concernant les arrêts maladie.